Jej pierwotna nazwa to Jishō-ji (慈照寺), czyli Świątynia Świecącej Łaski. Jej budowa rozpoczęta została w 1482 przez Yoshimasę Ashikagę, wnuka Yoshimitsu Ashikagi, twórcy Kinkaku-ji.
Budynek wraz z ogrodem dookoła miał pełnić rolę letniej rezydencji shoguna, ale z czasem budowla została przekształcona w świątynię zen.
Miała przypominać Kinkaku-ji i na jej wzór została zaprojektowana, z tą różnicą, że ściany Ginkaku-ji planowano pokryć nie płatkami złota, a srebra. Stąd też pochodzi jej nazwa. Planów tych jednak nigdy nie udało się zrealizować.
Kioto to miasto położone w regionie Kansai, w zachodniej części wyspy Honshu. Jest to także poprzednia stolica Japonii i dawna siedziba cesarza.
Obecnie Kioto uznawane jest za kulturalne centrum Japonii. Znajdują się tu jedne z najcenniejszych zabytków kraju, z których wiele wpisanych zostało na listę Światowego Dziedzictwa Kultury UNESCO. Są to m.in. słynne Kinkaku-ji i Ginkaku-ji.
Pierwotny budynek Kinkaku-ji został wybudowany jako willa shoguna Yoshimitsu Ashikagi w 1397r, a po jego śmierci przekształcony w świątynię buddyjską. Oficjalnie nazywał się Rokuon-ji (jap. 鹿苑寺), czyli Świątynia w Ogrodzie Jeleni.
Budowla była wielokrotnie niszczona i odbudowywana, m.in. spłonęła podczas wojny Ōnin (1467-1477), a w 1950 r. została podpalona przez psychicznie chorego, młodego mnicha.
Obecny budynek pochodzi z 1955r. Jego współczesna nazwa wzięła się od płatków złota, którymi w 1987r. zostały pokryte zewnętrzne ściany świątyni.
Budowla wznosi się nad brzegiem pięknego stawu, zaś wokół niej utworzono park, z którego podziwiać można wspaniałe widoki ze świątynią w tle.